La fachada principal es de una acertada composición, donde Francisco de Mora consigue su estilo más personal al combinar torres y frontón. Aunque, sin lugar a dudas, lo que más impresiona es la robustez de su fábrica de piedra, que llevó a afirmar al Padre Sigüenza, que desde la Celda del Prior del Monasterio parecía de “Plata”. Desde cualquier sitio que se la contemple se puede apreciar su belleza por su simplicidad de líneas, donde las curvas son las imprescindibles. Francisco de Mora trazó esta Iglesia sin la intervención directa de Juan de Herrera, pues éste, oficialmente, le había dejado el año 1593 todas las obras de El Escorial, debido a la precaria salud de su maestro.
Es en esta obra, en la que Francisco de Mora manifiesta su personalidad, se detectan claramente tres influencias:
- La de Herrera, que no es de extrañar, pues desde 1579 estuvo a su lado.
- La de Palladio, ejercida a través de los libros y grabados que este arquitecto procuraba a FelipeII.
- Y de las Iglesias germánicas, conocidas quizá por dibujos y grabados que Herrera tenía de sus viajes por Alemania
A estas influencias hay que añadir la intervención personal de Felipe II, que corregía y revisaba todas las trazas de sus obras.