La tarea de decoración interior se les encomienda a Martín Gamboa, ensamblador, y al pintor Juan Gómez, dirigidos siempre por el gran responsable de la obra en su conjunto, Francisco de Mora. Éste distribuye el espacio entre las gradas que acceden al presbiterio y el arco fajón que cierra el ábside en cuatro grandes espacios:
En el primero de los espacios, y más bajo, coloca el altar mayor.
Sobre el altar se abre un segundo espacio longitudinal, en cuyo centro había un templete donde se situaba la custodia; y detrás, a ambos lados, hay seis tablas; los cuatro Evangelistas y otras dos: una de ellas son el martirio de San Lorenzo y la otra San Jerónimo penitente, que nos aclara la relación de esta parroquia con el Monasterio y con la Orden Jerónima (Figura 16). Estas dos últimas tablas se unieron en una única al desaparecer el templete y con el dibujo de esos dos soldados romanos se salvó la estética de un espacio sin pintura.
Las cuatro tablas de los evangelistas:
En el tercer y principal espacio, de mayor dimensión que los anteriores, de forma rectangular y franqueado por dos enormes columnas, con basa, fuste y capitel, nos encontramos con lo más importante de esta Iglesia, el punto donde Francisco de Mora desea que se dirijan todas las miradas: el Martirio de San Bernabé.
En el cuarto y último espacio, con el que culmina el retablo, nos encontramos con un friso triangular, que descansa sobre los capiteles de ambas columnas. En el centro se encuentra un cuadro conocido como el descendimiento, y a ambos lados se encontraban dos grandes figuras de los Apóstoles Santiago y Andrés, (figura 6) el uno por ser patrono de España y el otro por ser el patrón de la Orden del toisón de oro, cuyo gran maestre es el propio monarca. Ambas tallas son obra de Martín Gamboa.
El Dorado del Retablo fue encargado a Antonio de Viana. Entre 1597 y 1598 se hicieron y se colocaron las rejas que separaban el Altar Mayor del resto de la nave.
El cuadro de San Bernabé fue realizado por Juan Gómez, cuñado de Francisco de Mora, después de haber concluido el retablo de la parroquia de Zafra. Juan Gómez había sido nombrado pintor del Rey por cien ducados anuales, y por la realización del Cuadro de San Bernabé se le pagaron al pintor cinco mil reales.
Una vez concluido el cuadro de San Bernabé, Juan Gómez realizó las seis tablas antes mencionadas. El cuadro del descendimiento es de autor desconocido. El retablo se concluyó en 1597, como consta en el mismo retablo, dos años después de haber sido inaugurada la Parroquia. Juan Gómez apenas pudo disfrutar de la contemplación de su obra, ya que murió el 24 de Noviembre de ese mismo año.