Como he señalado: ante la petición del Alcalde Mayor, representando a una parte del vecindario y los deseos del Prior del Monasterio de tener una Parroquia, que fuese prototipo y ejemplar de las demás, Felipe II rectifica su orden de construir la ermita y ordena edificar una nueva Iglesia, en la que una capilla se dedique al culto de la Virgen.
Según todos los indicios, la construcción de un nuevo templo fue el resultado exclusivo de los intereses de los monjes jerónimos y nunca una aspiración de los vecinos de la Villa .
La obra se adjudica parcelada en dos mitades:
- La parte del medio día se adjudica al equipo formado por el constructor Yuste González, Miguel Sánchez y Juan Aguado.
- La otra parte, la del cierzo, a los canteros Pedro del Carpio y Bartolomé
Todos ellos habían realizado tareas de importancia en el Monasterio desde 1570.
El ritmo de construcción alcanzó gran velocidad. Una vez adjudicadas las obras, éstas comienzan el 1 de Enero de 1594 con la apertura de zanjas para los cimientos, poniéndose la primera piedra el 13 del mismo mes y año.
Dada la experiencia que Fray Antonio de Villacastín y los maestros constructores habían adquirido durante la construcción del Monasterio, la realización de esta obra fue rápida. En noviembre de 1594 estaba concluida la parte de albañilería básica. La obra de carpintería se le encarga a Andrés de León el 18 de Noviembre, y para el ladrillo y la teja se contrata a Pedro Alonso. La rapidez de la obra fue tal, que a primeros de Enero de 1595 se pone en marcha las labores del tejado, y se encarga a Juan Gómez la realización del cuadro del retablo principal. A finales de Julio de 1595 Rodríguez de Holanda cobra el salario por los 1040 panes de oro que había empleado en las bolas de los capiteles de las torres. A falta de la decoración y de algunos detalles, el 21 de Septiembre de 1595 es bendecida por el Obispo de Segovia. El coste de la obra había sido de 60.000 ducados.