Antes de reseñar el edificio herreriano que hoy admiramos, hay que aclarar que en este mismo lugar existió antes de 1595 otro edificio románico, parece ser, de tres naves. Así la describe en el año 1586 el visitador Fray Miguel de Santa María:“es de mampostería de piedra de tres naves, con seis pilares de piedra redondos… es baxa y obscura, y tiene tres altares: el mayor y los dos colaterales”ElPadreSigüenzaal referirse a dicho edificio lo llama “la bárbara antigualla”
Algunos nos preguntamos: ¿Por qué una nueva Iglesia? La respuesta no es tan fácil, ya que sería entrar en los pensamientos del mismísimo Rey Felipe II; aunque podemos afirmar que, en un principio, el monarca no tuvo ninguna intención de demoler el templo existente; sí la de trasladar la Virgen, patrona de El Escorial, de la ermita de la Herrería a otra que él mismo mandaría edificar en el término del pueblo. Por su parte, los vecinos de El Escorial, aunque no todos, siempre se opusieron a que se derribase su Iglesia porque no estaba en tan mal estado de conservación como se quería hacer ver por sus detractores, y porque su derribo significaba romper los vínculos establecidos con cuantos antepasados dormían para siempre bajo el solado del edificio.
Lo cierto es que entre 1586 y 1593 hay una serie de cartas entre el Rey, su secretario, y otras autoridades, que demuestran que se dudó entre reconstruir y arreglar la vieja Iglesia existente en el Escorial o construir una de nueva planta. El Rey Felipe II, primeramente, trató de repararla, como demuestra el hecho de construir en ella una tribuna desde donde participaba de los oficios religiosos.
El primer paso que Felipe II da, respecto a la Iglesia de El Escorial, es rogar al Papa que sea elevada a la categoría de Parroquia. Dicha petición es atendida por bula de Pío IV, dada el año 1563 por la que es desmembrada de la de Colmenar del Arroyo, de la que era anejo. Posteriormente, el Papa Sixto V conforme a las bulas de Gregorio XII, 15 de Mayo de 1585, establece que esta Parroquia pase de la jurisdicción de Toledo a ser “Diócesis Nullíus ” bajo la absoluta jurisdicción del Prior del Monasterio.
Capilla donde se venera a Ntra Sra de la Herrería desde 1595
Intentando dar respuesta a la pregunta del por qué una nueva Iglesia. Añado una reflexión que hace el historiador D. Gregorio Sánchez Meco, afirmando que el motivo verdadero es el interés del Rey y del Prior por crear un ambiente de paz y de tranquilidad alrededor del Monasterio; también debió influir en el monarca el informe que hace Luis Cabrera de Córdoba, guarda mayor de los bosques: “que dentro y fuera de dicha ermita ha avido cossas muy indecentes y de notable deservicio y ofensa de Dios” . El hecho es que Felipe II por“algunas causas justas y consideraciones”determinóquelaermita seconstruyeseen el término de la Villa de El Escorial.
Si posteriormente cambia el Rey de parecer, y ordena construir un nuevo templo, donde al mismo tiempo se le dedique una capilla a la Virgen, fue debido a la petición que le hace el Alcalde Mayor en nombre del pueblo. De esta manera, solucionaba dos problemas: cerrar lo más posible los espacios monásticos, y acabar con los gastos cuantiosos que suponía conservar la “ bárbara antigualla”. Eldía30de 0ctubre de 1593, una Cédula de Felipe II autorizaba a edificar, a sus expensas, la nueva Iglesia de San Bernabé según las trazas del arquitecto Francisco de Mora, discípulo de Juan de Herrera. Encargando al monje jerónimo, Fray Antonio de Villacastín, y firmando en 1594 con el maestro cantero Pedro Gutiérrez Ramírez las condiciones para su ejecución.
Debido al seguimiento que Felipe II hizo de las obras del Real Monasterio, mantuvo una gran relación con esta pequeña aldea a la que, desde Aranjuez, el 8 de Abril de 1565, le concede el privilegio de Villa. Fray José de Sigüenza dice: “no había en toda la villa casa con ventanas y chimenea”. Felipe II entabló una gran amistad con su párroco, Pedro Montero, en cuya casa se hospedó; y con algunas otras personas, como es el caso de D. Miguel de Antona, quien por testamento donó a Felipe II unas propiedades para que se le dijesen misas y fuese enterrado en uno de los altares de esta iglesia . A Felipe II le debió caer muy bien desde un principio Miguel de Antona por sus dichos agudos, discretos y graciosos, de tal manera que llegó a ser Bufón; era conocido con el sobrenombre de “Velasquillo”, fue natural de Quintana la Redonda, Soria.